我们公司是综合工时制。请三天病假。公司扣除

不合法，公司扣除缺勤工资违法。依据《劳动法》，公司无权因员工请假扣除已工作的工资。若公司坚持扣除，将违反法律规定，损害员工合法权益，可能导致法律纠纷。
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公司应依法支付工资，不得随意扣除。处理方式包括与公司协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。建议先与公司沟通，若无果则考虑法律途径维护权益。
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公司扣工资不合法。应对方式：1.与公司沟通，要求合理解释并补发工资；2.若沟通无果，向劳动监察部门投诉，提供工资条等证据；3.如问题仍未解决，可申请劳动仲裁，通过法律程序维护自身权益。